Accuracy of quantitative polymerase chain reaction in samples of frozen and paraffinembedded healthy skin for the diagnosis of canine visceral leishmaniasis
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Em: Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia (Brazil) v. 69(6) p. 1443-1450; (2017)Sumário:
ABSTRACT - The purpose of the present work was to evaluate the accuracy of quantitative polymerase chain reaction (qPCR) performed on samples of fresh frozen tissue (FT) and formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) healthy skin. This is a validation study conducted with samples from 46 dogs from an endemic area in Brazil. After sample collection, DNA extractions were conducted using commercial kits and qPCR was oriented to kinetoplast DNA (kDNA) targets of the Leishmania infantum species. The results obtained for the FFPE samples showed 63.6% sensitivity and 77.1% specificity, whereas those obtained for the FT samples showed 100% and 48.6%, respectively. Poor agreement was observed for the results of the qPCR technique with FT and FFPE samples. Our results suggest freezing as the most suitable conservation method for the formation of sample databases considering DNA recovery
Keywords: diagnosis, qPCR, canine visceral leishmaniasisSumário:
RESUMO - O objetivo deste trabalho foi avaliar a acurácia da PCR quantitativa (qPCR) realizada em amostras de pele íntegra congelada (FT) e parafinada (FFPE). Trata-se de um estudo de validação, com amostras provenientes de 46 cães de uma área endêmica no Brasil. Após as coletas de amostras, as extrações de DNA foram realizadas utilizando-se kits comerciais, e a qPCR foi orientada para alvos do kDNA da espécie Leishmania infantum. Os resultados obtidos para as amostras FFPE foram 63,6% de sensibilidade e 77,1% de especificidade; para as amostras FT, 100% e 48,6%, respectivamente. A concordância dos resultados da técnica de qPCR com amostras FT e FFPE foi pobre. Os resultados sugerem que o congelamento é o método mais adequado de conservação para banco de amostras para recuperação de DNA.
Palavras-chave: diagnóstico, qPCR, leishmaniose visceral canina
| Tipo de material | Biblioteca atual | Coleção | Número de chamada | Informaçaõ do volume | URL | Situação | Devolução em | Código de barras |
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Periódicos
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Biblioteca Nacional de Agricultura - Binagri | Periódicos agrícolas | 2017 v. 69(6) | Texto integral (PDF) | Consulta local | 2024-2999 |
Publicação online; 34 ref.; Summaries (En, Pt)
ABSTRACT - The purpose of the present work was to evaluate the accuracy of quantitative polymerase chain reaction (qPCR) performed on samples of fresh frozen tissue (FT) and formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) healthy skin. This is a validation study conducted with samples from 46 dogs from an endemic area in Brazil. After sample collection, DNA extractions were conducted using commercial kits and qPCR was oriented to kinetoplast DNA (kDNA) targets of the Leishmania infantum species. The results obtained for the FFPE samples showed 63.6% sensitivity and 77.1% specificity, whereas those obtained for the FT samples showed 100% and 48.6%, respectively. Poor agreement was observed for the results of the qPCR technique with FT and FFPE samples. Our results suggest freezing as the most suitable conservation method for the formation of sample databases considering DNA recovery
Keywords: diagnosis, qPCR, canine visceral leishmaniasis
RESUMO - O objetivo deste trabalho foi avaliar a acurácia da PCR quantitativa (qPCR) realizada em amostras de pele íntegra congelada (FT) e parafinada (FFPE). Trata-se de um estudo de validação, com amostras provenientes de 46 cães de uma área endêmica no Brasil. Após as coletas de amostras, as extrações de DNA foram realizadas utilizando-se kits comerciais, e a qPCR foi orientada para alvos do kDNA da espécie Leishmania infantum. Os resultados obtidos para as amostras FFPE foram 63,6% de sensibilidade e 77,1% de especificidade; para as amostras FT, 100% e 48,6%, respectivamente. A concordância dos resultados da técnica de qPCR com amostras FT e FFPE foi pobre. Os resultados sugerem que o congelamento é o método mais adequado de conservação para banco de amostras para recuperação de DNA.
Palavras-chave: diagnóstico, qPCR, leishmaniose visceral canina
BINAGRI