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Comparison of clustering methods to study genetic divergence in pepper accesses at vegetative stage

Por: Tipo de material: ArtigoArtigoAssunto(s): Recursos online: Em: Revista Brasileira de Plantas Medicinais (Brazil) v. 19(2) p. 236-243; (2017)Sumário: ABSTRACT: his study aimed evaluating the genetic divergence of vegetative stage in pepper access by means of multivariate analysis and testing the efficiency of different methods. In order to reach this goal 65 accessions from the Germplasm Bank of Capsicum spp of the Federal University of Uberlândia-Brazil were evaluated concerning the following qualitative characteristics: presence of nodal anthocyanin, shape of the stem, presence of trichomes on the plant, branching habit, coloring of the leaves, leaf shape, pubescence of the leaves and leaf margin. The quantitative characteristics such as length and width of leaves were also evaluated. Qualitative characters were grouped as multi-categorical variables and the dissimilarity matrix was calculated based on the Cole-Rogers distance. As for quantitative traits, the dissimilarity matrix was measured by Euclidean distance average. Matrices were added in order to apply the clustering methods approach. Three clustering techniques were applied: Tocher optimization method, UPGMA and principal component analysis. Average and mode of the groups generated were also calculated. Validation of Tocher and UPGMA clusters was determined by cophenetic correlation coefficient. There was divergence among the accessions evaluated. UPGMA methods, Tocher and principal components were efficient and converged in the identification of distinct groups regarding the vegetative phase of pepper access. Keywords: Capsicum; morphological characterization; diversity; germplasm.Sumário: RESUMO: Comparação de métodos de agrupamento no estuda da diversidade genética em acessos de pimenta na fase vegetativa. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a divergência genética na fase vegetativa em acessos de pimenta por meio de análise multivariada e testar a eficiência de diferentes métodos. Foram avaliados 65 acessos pertencentes ao Banco de Germoplasma de Capsicum spp da Universidade Federal de Uberlândia-Brasil. Avaliou-se as seguintes características qualitativas: presença de antocianina nodal, formato da haste, presença de tricomas na planta, hábito de ramificação, coloração das folhas, forma da folha, pubescência nas folhas, margem da folha, além de características quantitativas como comprimento e largura das folhas. Os caracteres qualitativos foram agrupados como variáveis multicategóricas e a matriz de dissimilaridade foi calculada pela distância de Cole-Rodgers. Para os caracteres quantitativos, a matriz de dissimilaridade foi mensurada pela distância euclidiana média. As matrizes foram somadas para a aplicação dos métodos de agrupamento. Foram realizadas três técnicas de agrupamento aos acessos: método de otimização de Tocher, UPGMA e análise de componentes principais. A média e moda dos grupos formados foram também calculadas. O coeficiente de correlação cofenético foi determinado para validação dos agrupamentos de Tocher e UPGMA. Houve divergência genética entre os acessos avaliados. Os métodos de agrupamento UPGMA, Tocher e componentes principais foram eficientes e convergentes na identificação de grupos distintos na fase vegetativa de acessos de pimenta. Palavras-chave: Capsicum; caracterização morfológica; diversidade; germoplasma.
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ABSTRACT:

his study aimed evaluating the genetic divergence of vegetative stage in pepper
access by means of multivariate analysis and testing the efficiency of different methods. In
order to reach this goal 65 accessions from the Germplasm Bank of Capsicum spp of the
Federal University of Uberlândia-Brazil were evaluated concerning the following qualitative
characteristics: presence of nodal anthocyanin, shape of the stem, presence of trichomes on
the plant, branching habit, coloring of the leaves, leaf shape, pubescence of the leaves and leaf
margin. The quantitative characteristics such as length and width of leaves were also evaluated.
Qualitative characters were grouped as multi-categorical variables and the dissimilarity matrix
was calculated based on the Cole-Rogers distance. As for quantitative traits, the dissimilarity
matrix was measured by Euclidean distance average. Matrices were added in order to apply the
clustering methods approach. Three clustering techniques were applied: Tocher optimization
method, UPGMA and principal component analysis. Average and mode of the groups generated
were also calculated. Validation of Tocher and UPGMA clusters was determined by cophenetic
correlation coefficient. There was divergence among the accessions evaluated. UPGMA methods,
Tocher and principal components were efficient and converged in the identification of distinct
groups regarding the vegetative phase of pepper access.

Keywords: Capsicum; morphological characterization; diversity; germplasm.



RESUMO:

Comparação de métodos de agrupamento no estuda da diversidade genética
em acessos de pimenta na fase vegetativa. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a
divergência genética na fase vegetativa em acessos de pimenta por meio de análise multivariada
e testar a eficiência de diferentes métodos. Foram avaliados 65 acessos pertencentes ao Banco
de Germoplasma de Capsicum spp da Universidade Federal de Uberlândia-Brasil. Avaliou-se as
seguintes características qualitativas: presença de antocianina nodal, formato da haste, presença
de tricomas na planta, hábito de ramificação, coloração das folhas, forma da folha, pubescência
nas folhas, margem da folha, além de características quantitativas como comprimento e largura
das folhas. Os caracteres qualitativos foram agrupados como variáveis multicategóricas e a
matriz de dissimilaridade foi calculada pela distância de Cole-Rodgers. Para os caracteres
quantitativos, a matriz de dissimilaridade foi mensurada pela distância euclidiana média. As
matrizes foram somadas para a aplicação dos métodos de agrupamento. Foram realizadas
três técnicas de agrupamento aos acessos: método de otimização de Tocher, UPGMA e análise
de componentes principais. A média e moda dos grupos formados foram também calculadas.
O coeficiente de correlação cofenético foi determinado para validação dos agrupamentos de
Tocher e UPGMA. Houve divergência genética entre os acessos avaliados. Os métodos de
agrupamento UPGMA, Tocher e componentes principais foram eficientes e convergentes na
identificação de grupos distintos na fase vegetativa de acessos de pimenta.

Palavras-chave: Capsicum; caracterização morfológica; diversidade; germoplasma.

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