Publicação on-line; 41 ref.; 1 table; Summaries (En, Pt)

Abstract

Pterodon pubescens and P. emarginatus (Leguminosae) are native medicinal plants of Brazil. Extractivism
due to its therapeutic properties threatens populations of both species. Studies of genetic diversity is a way to
reason the use and promote conservation. We developed microsatellite markers for P. pubescens and transferred
them to P. emarginatus to further genetic diversity investigation of these species. From genomic sequences
of P. pubescens, obtained via the Illumina MiSeq platform, it was possible to identify 6,514 microsatellite
regions, to design 5,419 primer pairs, and to test 30 markers amplification. We provide 26 polymorphic
microsatellite markers, 10 of which were genotyped in 48 individuals per species. The number of alleles per
locus range from 3 to 16, with high average genetic diversity (P. pubescens HE = 0.753; P. emarginatus HE
= 0.691). The genotyped markers have a high paternity exclusion probability (Q values greater than 0.99) and
low probability of identity, indicating that set of loci is capable of individual discriminating in P. pubescens
and P. emarginatus. Microsatellite markers provided in this study are a tool for population genetics studies
and conservation of the two species and can be applied to closely related non-model species.

Key words: genetic diversity, Illumina MiSeq, molecular markers, neotropical tree, “sucupira-branca”.





Resumo

Pterodon pubescens e P. emarginatus (Leguminosae) são duas espécies de plantas nativas medicinais do
Brasil. As populações têm sido ameaçadas pelo extrativismo para uso de suas propriedades terapêuticas.
Estudos de diversidade genética ajudam a racionalizar o uso e a promover a conservação dessas espécies. Nós
desenvolvemos marcadores microssatélites para P. pubescens e transferimos para P. emarginatus com intuito
de permitir investigações futuras da diversidade genética das espécies. A partir de sequências genômicas de
P. pubescens, obtidas via plataforma Illumina MiSeq, foi possível identificar 6.514 regiões microssatélites,
desenhar 5.419 pares de primers, e testar a amplificação de 30 marcadores. Nós fornecemos 26 marcadores
moleculares, 10 dos quais foram usados para genotipar 48 indivíduos de cada espécie. O número de alelos
por locus variou de 3 a 16, com alta diversidade genética média para ambas as espécies (P. pubescens HE
= 0,753; P. emarginatus HE
= 0,691). Os dez marcadores apresentaram boa probabilidade de exclusão de
falsa paternidade (com valores acima de 0,99) e baixos valores de probabilidade de identidade, indicando
que esse conjunto é adequado para discriminar indivíduos em P. pubescens e P. emarginatus. Os marcadores
microssatélites desenvolvidos neste trabalho representam uma ferramenta promissora para estudos de genética
de populações e conservação das duas espécies e podem, eventualmente, ser aplicados a espécies não-modelos
filogeneticamente próximas.

Palavras-chave: diversidade genética, Illumina MiSeq, marcadores moleculares, árvores neotropicais,
“sucupira-branca”.