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ABSTRACT - The hairy fleabane (Conyza bonariensis (L.) Cronq.) is among the
most problematic glyphosate-resistant weeds to manage around the world. In weed
science, molecular approaches such as RNA sequencing (RNA-Seq) and quantitative
reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR) have been employed to
study molecular responses to glyphosate treatment in Conyza species. Glyphosate
treatment leads to reactive oxygen species (ROS) production in plants which could
damage the RNA. Degraded RNA is an issue and can compromise further molecular
analysis. Thus, the objective of this study was to evaluate whether glyphosate
treatment interferes negatively on RNA integrity of glyphosate-resistant and -
sensitive hairy fleabane biotypes. Two experiments were performed using glyphosate
doses from 0 to 11,840 g a.e. ha-1 and evaluated in a time-course until 288 hours after
treatment. The total of 86 RNA samples were evaluated. The RNA integrity was
evaluated in a Bioanalyzer 2100 equipment according to RNA integrity number (RIN)
scores and electrophoresis gel. The RIN scores ranged from 5.1 to 9.0. Glyphosate
doses do not reduce the RIN scores in both glyphosate-resistant and -sensitive
biotypes of hairy fleabane. Visual and automatic analysis of electrophoresis gel
show suitable results for all RNA samples, with well-defined bands at 28S and 18S
positions and no degradation. The results of the analysis indicate that glyphosate
treatment does not affect the RNA integrity of glyphosate-resistant and -sensitive
biotypes of hairy fleabane until 288 and 192 hours after glyphosate treatment,
respectively. The RNA integrity analysis provides useful results to evaluate the
RNA condition for further analysis. However, the costs were around US$ 14.25 per
sample, considering only reagents. These results are useful for planning future
timecourse experiments in Conyza spp. after glyphosate treatment.

Keywords: hairy fleabane, molecular analysis, RNA integrity number (RIN).

RESUMO - A buva (Conyza bonariensis (L.) Cronq.) está entre as plantas daninhas
resistentes ao glifosato mais difíceis de serem manejadas em todo o mundo. Na
ciência das plantas daninhas, abordagens moleculares, como o sequenciamento
de RNA (RNA-Seq) e a reação da transcriptase reversa da polimerase em tempo
real (RT-qPCR), têm sido empregadas para estudar as respostas moleculares ao
tratamento com glifosato em espécies de Conyza. No entanto, o tratamento com
glifosato leva à produção de espécies reativas de oxigênio (ROS) em plantas, que
podem danificar o RNA. A degradação do RNA é um problema e pode comprometer
futuras análises moleculares. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar se o
tratamento com glifosato interfere negativamente na integridade do RNA de biótipos
de buva resistente e sensível ao glifosato. Dois experimentos foram realizados
utilizando doses de glifosato de 0 a 11.840 g e.a. ha-1 e avaliados em um tempo de até 288 horas após o
tratamento. O total de 86 amostras de RNA foram avaliadas. A integridade do RNA foi avaliada em um
equipamento Bioanalyzer 2100 de acordo com escores de número de integridade de RNA (RIN) e em gel
de eletroforese. Os escores do RIN variaram de 5,1 a 9,0. Doses de glifosato não reduziram os escores do
RIN em biótipos de buva resistentes e sensíveis ao glifosato. A análise visual e automática do gel de
eletroforese mostrou resultados adequados para todas as amostras de RNA, com bandas bem definidas
nas posições 28S e 18S e sem degradação. Os resultados da análise indicam que o tratamento com
glifosato não afeta negativamente a integridade do RNA dos biótipos resistentes e sensíveis ao glifosato
da buva até 288 e 192 horas após o tratamento com glifosato, respectivamente. A análise da integridade
do RNA fornece resultados úteis. Entretanto, os custos são altos e ficaram em torno de US $ 14,25 por
amostra, considerando apenas os reagentes. Esses resultados são úteis para o planejamento de
experimentos futuros em Conyza spp. após o tratamento com glifosato.

Palavras-chaves: buva, análises moleculares, número de integridade do RNA (RIN).