RESUMO - A epididimite infecciosa ovina é uma das principais enfermidades reprodutivas de carneiros. O presente estudo teve por objetivo desenvolver protocolos de PCR em tempo real para B. ovis e H. somni e avaliar sua aplicabilidade em amostras de sêmen e urina de carneiros. Delinearam-se primers e sondas espécieespecíficos para cada agente. As sondas foram delineadas com o sistema TaqMan incorporando um marcador FAM para B. ovis e Cy5 para H. somni na extremidade 5' e um quencher na extremidade 3'. A PCR em tempo real para B. ovis e H. somni foi altamente sensível, uma vez que a amplificação de DNA ocorreu com até 0,2ng de DNA/reação. A especificidade dos iniciadores e sondas foi avaliada com amostras de DNA de outros agentes causadores de epididimite ovina e nenhuma amplificação inespecífica foi observada. A aplicabilidade da técnica em amostras biológicas também foi confirmada, pois não houve perda de eficácia (P>0,05) quando comparada à PCR convencional com amostras de sêmen e urina de carneiros experimentalmente infectados.